葡萄牙医疗体系完备，世界排名第12，其中器官移植等科目位居全球首位。葡萄牙医疗条件、卫生条件较好，公立医院和保健中心提供免费医疗服务；国家卫生系统提供全民覆盖，持有暂时居住许可的投资人可享受免费医疗。前十大的葡萄牙医院中，有三家位于首都里斯本，分别是里斯本北方中心医院、里斯本西方中心医院和里斯本肿瘤研究中心。

葡萄牙医院分公立和私立两种。公共医院规模大、设备精良、技术力量雄厚，就诊人数较多、耗时较长。私人医院治疗耗时较少。葡各社区均设有社区医院，但仅为社区内登记人口提供简单的医疗服务。

药店随处可见，一般在店外挂有绿色十字标牌。药品须在药店购买，处方药须有医生处方。在一些大城市，有些药店24小时对外营业。医疗和药品价格中等。